大棚内土传病害的病原菌主要在土壤里越冬（夏），依赖土壤腐殖质和残枝败叶残存物质生存，在土壤里存活的时间较长，一般枯萎病病菌在土壤内可存活5~6年，故称之为土壤习居菌。土传病害的病原菌一般通过土壤、肥料（有机肥）、灌溉水或流水进行传播，而不会像传染性病害一样通过气流传播。传染性病害的危害部位以叶、茎、花、果为主，而土传病害的危害部位主要是植株的根、茎，先浸染寄主植物的维管束，并逐渐向上延伸，由病原菌在维管束内繁殖，阻碍其输送营养物质，致使植株在短期内枯萎死亡，属毁灭性病害，很难防治。
大棚内必须严格实行“无病先防、预防在先”的方针。土传病害的防治方法，不宜采用叶面喷雾法，而应采取灌根法。在未发病前或发病初期，用瑞苗清水剂2000~2500倍液灌根，每株灌浇药液100~150毫升，每隔7~10天灌一次，连灌3~4次。用40%根腐灵可湿性粉剂600~800倍液或70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液及72%农用硫酸链霉素3500~4000倍液交替灌根，可有效防治枯萎病、黄萎病、青枯病、根腐病和茎基腐病等土传病害。防治根结线虫病可每亩用10%好年冬颗粒剂2公斤撒施或开沟施入植株四周。
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