净化工作台原理的洁净环境是在特定的空间内，洁净空气(进滤空气)按设定的方向流动而形成的。以气流方向来分，现有的超净工作台可分为垂直式，由内向外式以及侧向式。从操作质量和对环境的影响来考虑，以垂直式较优越。由供气滤板提供的洁净空气以一个特定的速度下降通过操作区，在大约操作区的中间分开，由前端空气吸入孔和后吸气窗吸走，在操作区下部前后部吸入的空气混合在一起，并由鼓风机泵入后正压区，在机器的上部，30%的气体通过排气滤板从顶部排出，大约70%的气体通过供氧滤板重新进入操作区。为补充排气口排出的空气，同体积的空气通过操作口从房间空气中得到补充。这些空气不会进入操作区，只是形成一个空气屏障。
净化工作台在当今医学、生物科学、食品科学和电子科学等研究领域中已经成为一种必不可少的实验室设备。科学家们需要净化工作台来提供一个洁净的，无尘的试验环境，来保护昂贵的样本不会受到污染，以及危险的样品不泄露到周围环境中。净化工作台正是为了满足用户这方面的要求而出现的。
对净化工作台而言，主要的就是空气循环过滤的过程，在这个过程中，风机起到了心脏的作用，箱体就像人的身体，它的气密性使外界浑浊的空气无法侵入，并且为空气循环提供了风道;高效空气过滤器捕捉空气中尘埃，使通过它的空气洁净。
需要注意的是净化工作台里不是处处是洁净的，过滤器和空气循环模式只能保证空气离开过滤器出风口后在部分空间内是纯净的，一般这个空间被称为工作区域，只有在这个区域操作，才是安全的。完全开环的空气循环的洁净效率不高，且外排的空气可能会携带部分样本中的细菌等，可能会对环境造成危害。通常只用于洁净要求较低的或是无生物危害的场合。其主要特征是在每次循环中所有空气从外界采入并终都回到环境中去，一般水平流的净化工作台都采用开环模式。这种模式的超净工作台结构较简单，成本低廉，但是风机和过滤器的负载较大，对其寿命会产生不良影响。可见，闭环模式其实也不是完全封闭的气流循环，每次循环中将有的空气排放到环境空间，但这些外排的气体已经过一个外排高效空气过滤器的过滤。
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