蛋白质分离器有许多优点，但它zui多只能清除水循环中80%的有机新陈代谢产物。为了达到更佳的效果，蛋白质分离器必须同时配合使用臭氧机。水中也含有一些蛋白质分离器所不能分解的物质，包括血浆蛋白之类的蛋白质，以及氨ji酸中蛋白素的某些成分。通常蛋白质分离器只能清除30%到50%的物质。若要蛋白质分离器愈活跃，它所需要的动力就愈多。有了动力的输入及表面的扩大，除了蛋白素的结合之外，还可产生其他的作用。shou先，一个非常有利的因素，就是大量的yang气会注入水中，这些yang气可以促进细菌分解残渣。但是，这项作用也会除去水族箱中的二氧化碳，也会因为碳酸盐硬度下降，并使得ph值升高。由于不同气体，也就是二氧化碳和yang气的密集交换，使得反应接触点部分的yang气含量极高，因而导致铁、钼和锰之类的主要微量元素在水面之外被氧化掉。此外，对于单细胞虫黄藻的影响也十分重大，其用来保存微量元素的凝胶，会因为这种反应而解体。而蛋白质分离器所排放的净水充满了丰富的yang气，只含有少量的二氧化碳、微量元素和维生素，所以在使用蛋白质分离器，必须适当地添加这些物质。然而，这也可能会产生特殊的困难，尤其当蛋白质分离器必须额外地依靠臭氧来工作时，则上述反应都会更加增强。
紫外线杀菌器，通常紫外线消毒可用于lu气和次lu酸盐供应困难的地区和水处理后对lu的消毒副产物有严格限制的场合。一般认为当水温较低时用紫外线消毒比较经济。
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