我国国内生猪、羊养殖未实现规模化、集约化，导致肠衣原料质量难以得到有效控制。目前国内畜牧业养殖多种方式并存，既有大规模的专业化养殖场，又有以农户为主的小规模养殖。专业化的养殖场肠衣原料质量比较容易控制，但是分散于农户中的原料质量则较难控制，肠衣药残问题成为困扰我企业出口的首要问题。目前我国部分肠衣企业虽然建立了自己的养殖场，实现了从源头控制药残，羊肠衣批发商，但是大部分肠衣企业仍在走原料收购的老路，肠衣药残问题很难在短期内得到解决。除此之外，国内检验检疫部门对肠衣出口执行的药残检验标准非常严格，有些项目甚至严于进口国的要求，羊肠衣厂，企业在出口过程中普遍感觉压力很大。
肠衣生产步入规范化轨道
肠衣加工是我国的一项传统产业，历史悠久，对外出口占有较大的份额(约占肠衣总产量的80％)，其中以对欧洲出口为主。
1987年仅河北出口肠衣就达1670多桶，全国出口肠衣达4000多桶。但由于历史的原因，清溪羊肠衣，早年肠衣的生产极其落后，大部分为手工作坊，羊肠衣供应商，加工条件不符合要求，卫生条件较差，致使生产出的肠衣卫生质量差，严重地影响了肠衣出口。
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