中国政府针对生物肥料（微生物肥料）的研发、产品质量、推广应用等方面非常重视，监管方面实行生产许可制度并由农业部审核并发放，“北京世纪阿姆斯生物技术有限公司”为中国首-家获证企业。随着生物肥料的发展，少数地方在生产生物肥料时出现了无生产许可证、生产工艺落后、用未通过鉴定的菌种进行生产、有效菌含量低、杂菌超标等现象。还有些厂家在生物肥料中加入不适量的化肥或其它添加剂，使肥料中化肥的氮、磷、钾含量过高导致有效菌死亡，而失去生物肥的作用。因此在选用生物肥料时要注意产品质量，防止假冒伪劣产品，以避免给农业生产带来不应有的损失。
正确、合理的使用方法是发挥生物肥料作用的重要保证，要根据不同作物和当地的土壤条件等具体情况来选用不同的生物肥料。生物肥料常用于拌种、作基肥和追肥等，在使用方式上，生物肥可作叶面喷施，沾根等。总之，生物肥是发展起来的一类特殊肥料，农民朋友在应用中要不断总结经验，注意方法，使生物肥料在农业生产中起到应有的作用。