洁净室和空调送回风管道应在安装高效过滤器前达到清洁要求，净化空调系统必须连续空吹12小时以上，空吹后再对送回风管和空调机组内部进行清扫和擦洗干净。工程竣工后，建设单位应组织医疗部门、使用洁净室的相应科室、设计和施工单位依照工程设计文件和《医院洁净手术部建筑技术规范》(gb50233-2002)、《通风与空调工程施工验收规范》(gb50243-2002)和《洁净室施工及验收规范》(jgj71-90)等有关施工质量验收规范对洁净室进行严格的质量验收，并应委托有资质的第三方检测单位对洁净室内洁净度对照设计文件和有关标准规范进行检测。
实现和维持房间负压以便空气流进房间所需的最小压力差非常小(水位表的0.001英寸)。实际实现的负压值取决于通风系统空气消耗量与供应量的差额以及房间的结构和大小，包括空气流动路径和流动开口。如果房间密封情况良好，则很容易实现高于0.001英寸水位表的负压值。但如果房间密封情况不佳，正如很多卫生机构的实际情况(特别是比较旧的医疗机构)，要实现较大的负压值可能需要排放量/供应量差值大于通风系统容量。
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