制药废水是较难处理的工业废水之一。传统的处理方法为化学方法，由于化学药品昂贵，处理费用较高，企业难以承受，况且化学方法又容易对环境造成二次污染。目前较为理想的处理方法是物理、化学和生物相结合的方法。近年来，美国、日本、法国、印度等国先后采用厌氧-好氧组合技术处理制药废水。
制药废水常用的处理方法有物化法、化学法和生物法。其中，生物法作为最经济的处理方式，是目前制药废水处理普遍采用的方法，已经成为研发和推广应用的重点。
目前国内外制药废水处理多采用sbr(sequencing batch reactor) 法、cass(cyclic activated sludge system)法、iceas(intermittent cycle extended aeration)法、氧化沟、接触氧化法等为主体工艺，但由于废水中存在抑制性物质和难降解有机物，导致这些方法的处理效果不理想。
水质成分复杂，中间代谢产物和提取分离中残留的高浓度酸、碱、有机溶剂等化工原料含量高。该类成分易引起ph值波动大、色度高和气味重等不利因素，影响厌氧反应器中甲（jia）烷菌正常的活性。
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