1.生产体制传统
目前，我国苹果种植生产主要以个人承包经营为主，个体户对于栽培技术的掌握差，灌溉、农药计量等掌握不准确，且不会分辨带病幼苗，导致栽培成活率低。个体户占地面积有限，对于不同种类的幼苗不能做到合理的划分，导致苗木品种混乱，砧木种子来源复杂，苹果共砧现象严重。
2.新兴苗木推广应用率低
当前，嫁接繁育技术深受果农推崇，幼苗普遍以嫁接的方式进行繁殖，然而由于无病毒苗木的推广速度缓慢，导致许多幼苗在嫁接时仍然存在病毒，传染给其他树木。现阶段，我国采用无病毒果苗多为中间砧或部分无毒苗，此种树苗可能为病毒携带者，严格意义上来说并非无病毒苗，因此，对于果树仍然存在安全威胁。
3.栽培技术落后
我国在果木的培育上仍然采用老旧的方法，栽培方式单一，时间分布不均匀，导致果苗营养不良，结出的果实小等。高档苗使用偏少，且果农对于现今创新的科学栽培技术认知甚少，对于不同苗种间的差异、需水量、所需营养成分等印象模糊。这些对于幼苗的生长及成果都是十分不利的。
加强无病毒苗木的栽培
无病毒苗木栽培将成为我国新的发展趋势，由于其自身性质，不仅可以保证树苗的健康，并且为产量提供了保障，可以说是有益无害的。因此，需要加强对于无病毒苗木的推广和宣传，确保其在我国苹果栽培领域的普及。为了从根本上防止苹果病毒，应建立起无病毒的母本园及采穗园，每个园区只负责栽培同一品种树苗，防止因生产初期混乱形成病毒，且采穗园必须保证为未种植过其他果树的土地，经过松土、施肥后进行灌溉，确保幼苗在一个完全安全、干净的环境下成长，定期进行施肥观察，并将确认后的母本木进行编号存档。采穗园要求与母本园基本相同，但要求树木健壮，确保其能够为生产提供接芽等。无病毒苗木的砧木必须采自母本园或采穗园，其选用的嫁接幼苗也必须为无病毒幼苗，具体的繁育模式为一級母本木→二级母本木→育苗专业户→跨牌销售苗木，根据正规的流程进行栽培，能够从根本上确保树木的安全，无论是以后的生长还是收获，都能看到很好的效果。此外，苹果苗木的栽培技术还包括：无病毒乔砧苗繁育技术、无病毒矮化自根砧木繁育技术等等。
根据国外多年的成功经验，我场从1991年被国家农业部批准为我国北方唯一的国.家.级无病毒苗木繁育和栽培试验基地以来的试验研究和用户实践证明，（无病毒苹果苗）苹果无病毒苗木栽培的优越性主要有以下几点：
1、无病毒苗木生长健壮结果早。在同等管理条件下，无病毒苗木生长健壮，高度比带毒苗木增长10%-28%，干茎粗度增长12%-20%，同时整齐一致，根系发达，根的吸收功能强，叶片肥厚光亮。栽植成活率高，比带毒苗高16%。
2、无病毒树生长强壮，稳产高产。无病毒树比带毒树一般增产16.9%-60%，无大小，年结果幅度小，树势强，生长旺，树体全重比带毒树增加36%，干周生长量增加26%-30%。
3、无病毒树果个大品质好。无病毒树的果实个头大，均匀一致，着色好，光洁度高。
4、无病毒树需氮肥量少，抗逆性强。无病毒苹果树需肥量特别是氮肥量明显减少，无病毒树比带毒树减40%-60%，耐粗放管理，适宜在瘠薄土壤上栽培。
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