1.生产体制传统
目前，我国苹果种植生产主要以个人承包经营为主，个体户对于栽培技术的掌握差，灌溉、农药计量等掌握不准确，且不会分辨带病幼苗，导致栽培成活率低。个体户占地面积有限，对于不同种类的幼苗不能做到合理的划分，导致苗木品种混乱，砧木种子来源复杂，苹果共砧现象严重。
2.新兴苗木推广应用率低
当前，嫁接繁育技术深受果农推崇，幼苗普遍以嫁接的方式进行繁殖，然而由于无病毒苗木的推广速度缓慢，导致许多幼苗在嫁接时仍然存在病毒，传染给其他树木。现阶段，我国采用无病毒果苗多为中间砧或部分无毒苗，此种树苗可能为病毒携带者，严格意义上来说并非无病毒苗，因此，对于果树仍然存在安全威胁。
3.栽培技术落后
我国在果木的培育上仍然采用老旧的方法，栽培方式单一，时间分布不均匀，导致果苗营养不良，结出的果实小等。高档苗使用偏少，且果农对于现今创新的科学栽培技术认知甚少，对于不同苗种间的差异、需水量、所需营养成分等印象模糊。这些对于幼苗的生长及成果都是十分不利的。
矮化苹果苗的栽植注意事项
1、合理密植矮化苹果树的产量是靠群体效应提升的，在单位面积内，必须保证有足够的株数。然而如果果园设计比较盲目，采用栽植乔化树的稀植方法，就会降低土地的有效使用率，不能充分发挥矮化苹果苗木的优势，产量和效益都上不去。
2.冬夏适时修剪苹果矮化苗木栽植中普遍存在只重视冬剪不重视夏剪的问题。冬剪时又往往修剪过重，短截较多，造成当年生枝条萌发过多，树形紊乱，不仅影响通风透光，而且使生殖生长和营养生长失调，养分积累减少，产量下降。
3.确保成活率，避免树龄差距较大由于定植前后浇水不足、整地质量不高、苗木质量较差、栽后保墒措施不当等原因，致使栽植成活率不高，加之补植前没有留同等大小的预备苹果苗，导致以后每年用当年出圃苗补植，造成园内果树常出现树龄差距大.
一忌讳大量过量疏枝，一方面减弱苹果树光合作用的能力，不利于养分积累和花芽的形成，又会刺激已停止生长的中短枝再次萌芽，怎样样算是合理呢？疏枝量以树下的投影面积为依据，疏枝后花影系数保持在30%左右。
二严禁不科学拉枝，拉枝角度大，易使树体早衰，角度小，起不到缓和树势的作用。应当利用拉、拿、扭、捋等方法，把基角和腰角打开，保持枝条水平，防止形成“弓背”而冒条。
三对有空间25厘米以上的背上直立苹果苗新梢，在基部半木质化部位（基部5厘米处）扭梢，其余疏除。
四忌盲目短截短截过重会促发分枝再次生长，影响树体通风透光，导致成花效果不佳。不是所有的都是如此，对枝势中庸的2年生苹果枝在春秋梢交界处短截（重摘心），可促生中短枝和形成花芽。
五忌放任环剥避免不分品种、枝势、水肥等条件而任意环剥。环剥宽度一般为所剥枝干直径的1/10，并要采用包扎等方法保护伤口，保证环剥口25～30天愈合。
六忌放松防治切不可认为套袋后就万事大吉，应选择无公害低残留的农药做好早期落叶病和金纹细蛾及螨类等病虫害的防治工作。并在用药间隔期，轮换用药。
提高苹果无毒苗木成活率六个关键措施。
一要科学贮藏，适期栽植苗木以冬藏（假植）、春季当地苹果芽子萌动时栽植为最好。假植要选择背阴不积水处开沟，保持稳定而合适的湿度与温度，假植时要使根系与湿沙（土）密接。
二要抓好土壤管理，必须大水沉实后，才能栽植轮作地新建园栽植时要充分利用“熟土”：不要打乱土层（即熟土仍放在上面）；
三要禁用化肥，慎用农家肥新建果园栽植时，禁止使用化学肥料，农家肥也因未腐熟，有副作用，必须慎用，使用有机肥可以参考。
四要重视清水浸泡等栽前苗木处理栽前必须用清水浸泡24小时以上。
五要确定好合理的栽植深度与方法对于普通苗木的乔砧或自根砧化苗木，栽植深度可与苗圃的深度一致；对于m系“中间砧”苗木在栽植上，采取“二重砧”的栽植方式。栽植深度埋到中间砧三分之二处。
六要抓好栽后管理，确保成活栽后应及时浇2～3遍大水，再培上一圆锥形土堆，为了防止浇后树歪，可用竹竿进行支撑；栽后必须及时尽量在其饱满芽处短截高定干，搞好剪口等伤口保护，但不要刻芽。刻芽翌春再进行更为科学实用；落实好晚秋、早春树干涂白工作。
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