1937年至1949年，也就是从1937年抗日战争开始到解放战争1949年国民党溃败到台湾，这十三年间，从故宫迁移出来的国宝级藏品，共计13427箱。然而真正的文物迁徙到台湾的只不过是区区的5000箱，虽然在大陆也有几千箱被追回来，但真正散落到民间的还有一大批宝物。其中不乏国宝级的藏品。
这是中国一次大的文化灾难。许多中华的瑰宝被就此殆尽损坏、流失以及掠夺走。后世学术界称之为和“焚书坑儒”，文化大革命之相比的文化界的大劫。这是让中国永久创伤的一块耻辱伤疤。可以用支离破碎来形容。
1931年日本侵略军侵占东北后，为了避免第二次“火烧圆明园”文物大劫难，国民政府制定了宏大的文物南迁计划。自1933年2月到5月，南迁文物分5批总计13400多箱被运抵上海，1936年南京朝天宫库房建成后，又陆续运抵南京。未几，抗日战争全面爆发，这批文物又奉命西迁，自1937年8月至1939年9月，文物分南、中、北三路，水陆兼程，辗转万里，抵达后方。
抗日战争胜利后，接踵而至的就是内战的爆发。在共产党的强势攻击下，南京已经岌岌可危。这时，南京国民政府开始了文物的搬迁工作，为此，蒋介石专门拨出一笔800万元的巨款子用于这项开支，于是海、空齐动员，开始了这次庞大的搬迁。
原来计划共运送五次，实际上只运了三次。总共有约4000箱（3824箱）珍贵文物运到了台湾。
具体的迁移路线分为几个步骤。北路:南京--徐州--郑州--西安--宝鸡--汉中--峨眉（北路是三路中最为艰辛的路线）。
第一次迁移：从北平到上海
中路：南京--汉口--宜昌--重庆--宜宾--乐山安古镇
南路：南京--汉口--长沙--贵阳--安顺
第一批文物号称中鼎号计划，首次运往台湾的共有173箱。其中包括故宫博物院的皇家收藏、“中央研究院”历史语言研究所的安阳殷墟出土文物、“中央图书馆”的宋元古籍以及“中央博物院”筹备处的大批珍贵文物。更值得一提的是，60箱重要的外交档案和国际条约文本也随“中鼎号”运往台湾，其中包括清政府签订的著名《南京条约》。
第二批运出的宝物：（海沪号）
共有3502箱，是迁台文物中最多的一批。
这批文物中包括为数众多的善本书。这些书原本都是摆在书架上，参与运送人员订制木箱、建立目录，忙了两个月才把它们整理好。其中包括故宫1680箱、“中央博物院”筹备处486箱、“中央图书馆”462箱、“中研院”史语所856箱、北平图书馆18箱。其中故宫运出的文物尤为重要，不仅有宋元瓷器精品和存在南京的全部青铜器，还包括全套文渊阁《四库全书》和离藻堂《四库全书荟要》。
第三批运出的宝物：（昆仑号）
1949年1月29日，第三批文物的“昆仑号”。这是第三批迁台的1248箱文物，其中包括蜚声海内外的王羲之《快雪时晴帖》。在这次“昆仑”号启航时，还是在码头上留下了60个箱子。
虽然三次运输的3824箱，仅是1933年从北平运至南方的所有箱子的五分之一，然而这五分之一却包括了大部分精品文物。其中绝大多数是举世无双的大幅挂轴画作，它们都出自唐宋时期的名家之手。据那志良回忆说，在文物运台的过程中，很多箱件由于无法运送而不得不留了下来。比如像著名的秦代石鼓，在临出发时不得不把它放在了码头上，尽管都已经精心包装好了。
这样算来，直接间接运往台湾的珍贵文物一共有5606箱。这5606箱文物中，属于“中央研究院”历史语言研究所和“中央图书馆”的，都相继归还，河南博物馆的文物送到了台湾“国立历史文物美术馆”，即后来的“国立历史博物馆”。剩下的3879箱25万多件文物属“中博”筹备处和台北“故宫”所有。
那么我们不禁要问了，那么多的文物，只有将近六千箱的藏品运到了台湾。还有将近一半的东西没有。留在了大陆地区。这几千箱国宝级藏品在岁月的痕迹中，却未被遗忘。然而在市场上却并未出现这些古董的信息。最近几年只有少数的几件东西渐渐开始在拍卖公司里浮出水面。
关于这些藏品的未出现的原因，我们主要分析有以下几点：
第一：在解放期间，由于国家的保护，很大一部分重新回归到了祖国的怀抱。重新被馆藏收集，展现在世人面前。
第二：在抗日战争期间，八年的抗战。日本占领了整个东南，包括东北三省，古都北京、山东、福建、湖北、湖南、广州等地，有些是中国重要的历史文化名城。相对来说，许多国之瑰宝都流落到日本。同样，在半封建半殖民地的中国，例如像英国、美国、法国等这些特权国家享有各种权利，自然他们带走的东西也不在少数。
第三：文化大革命的文化“洗礼”，文化大革命十年期间，尤其是在许多古玩古董这块。人们破旧，对于古人遗留的精美藏品不能很好的认识。尤其是上海、北京。受到了极为沉重的打击。许多传世之作毁在了这次不理智的文化革命之中。
第四：在文物转移的路线上，可能会出现丢失，贪污、损害等一系列问题。在三大路线上，肯定会出现种种情况。
综上所述，遗留在民间的藏品还有很多不为人知。最近几年在拍卖会上偶尔会出现民国故宫博物院贴有封条的藏品箱子盒子。上面的封条以及藏品的精品度的确证实是这种流失的文物，从某种程度上说，国家已经开始默认这种藏品的出现。在文物法里面有规定，1949年以前不管古董在谁的手里，就属于谁的。由于这几千箱的精品，会对拍卖市场形成巨大的诱惑力。但也只有少数的几家公司有能力运作这些乃至过千万、过亿的藏品。
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