1.生产体制传统
目前，我国苹果种植生产主要以个人承包经营为主，个体户对于栽培技术的掌握差，灌溉、农药计量等掌握不准确，且不会分辨带病幼苗，导致栽培成活率低。个体户占地面积有限，对于不同种类的幼苗不能做到合理的划分，导致苗木品种混乱，砧木种子来源复杂，苹果共砧现象严重。
2.新兴苗木推广应用率低
当前，嫁接繁育技术深受果农推崇，幼苗普遍以嫁接的方式进行繁殖，然而由于无病毒苗木的推广速度缓慢，导致许多幼苗在嫁接时仍然存在病毒，传染给其他树木。现阶段，我国采用无病毒果苗多为中间砧或部分无毒苗，此种树苗可能为病毒携带者，严格意义上来说并非无病毒苗，因此，对于果树仍然存在安全威胁。
3.栽培技术落后
我国在果木的培育上仍然采用老旧的方法，栽培方式单一，时间分布不均匀，导致果苗营养不良，结出的果实小等。高档苗使用偏少，且果农对于现今创新的科学栽培技术认知甚少，对于不同苗种间的差异、需水量、所需营养成分等印象模糊。这些对于幼苗的生长及成果都是十分不利的。
加强无病毒苗木的栽培
无病毒苗木栽培将成为我国新的发展趋势，由于其自身性质，不仅可以保证树苗的健康，并且为产量提供了保障，可以说是有益无害的。因此，需要加强对于无病毒苗木的推广和宣传，确保其在我国苹果栽培领域的普及。为了从根本上防止苹果病毒，应建立起无病毒的母本园及采穗园，每个园区只负责栽培同一品种树苗，防止因生产初期混乱形成病毒，且采穗园必须保证为未种植过其他果树的土地，经过松土、施肥后进行灌溉，确保幼苗在一个完全安全、干净的环境下成长，定期进行施肥观察，并将确认后的母本木进行编号存档。采穗园要求与母本园基本相同，但要求树木健壮，确保其能够为生产提供接芽等。无病毒苗木的砧木必须采自母本园或采穗园，其选用的嫁接幼苗也必须为无病毒幼苗，具体的繁育模式为一級母本木→二级母本木→育苗专业户→跨牌销售苗木，根据正规的流程进行栽培，能够从根本上确保树木的安全，无论是以后的生长还是收获，都能看到很好的效果。此外，苹果苗木的栽培技术还包括：无病毒乔砧苗繁育技术、无病毒矮化自根砧木繁育技术等等。
苹果苗的栽植时间在春天植树节前后，感觉最佳，这是因为，栽植晚了，苹果苗回事先发芽再生跟，栽植早了，苹果苗将会先生根再发芽，这会大大提高苹果苗的栽植成活率，所以建议，苹果苗栽植，宜早不宜晚，不仅仅是苹果苗是这样，别的苗木也适用，栽植苹果苗的时候，建议选择一米半到两米的苹果苗。栽植的过程中，一定不要埋土过深，担心影响苹果树生长。
苹果苗木栽植之后要定干，定干的高度，要掌握在一米到一米一之间。定干之后，新苗要刻芽，从*一个芽开始，有四到五个芽，刻一个芽，四到五个芽刻一个芽，也就是说四面八方的能调转开就行了，四个能调转开就四个，五个能调转开就五个，刻到什么位置呢，刻到离地平面40公分左右，那么就停下就行了，同时还要注意这个剪子下去，离这个芽眼最好是留一公分左右远。
一忌讳大量过量疏枝，一方面减弱苹果树光合作用的能力，不利于养分积累和花芽的形成，又会刺激已停止生长的中短枝再次萌芽，怎样样算是合理呢？疏枝量以树下的投影面积为依据，疏枝后花影系数保持在30%左右。
二严禁不科学拉枝，拉枝角度大，易使树体早衰，角度小，起不到缓和树势的作用。应当利用拉、拿、扭、捋等方法，把基角和腰角打开，保持枝条水平，防止形成“弓背”而冒条。
三对有空间25厘米以上的背上直立苹果苗新梢，在基部半木质化部位（基部5厘米处）扭梢，其余疏除。
四忌盲目短截短截过重会促发分枝再次生长，影响树体通风透光，导致成花效果不佳。不是所有的都是如此，对枝势中庸的2年生苹果枝在春秋梢交界处短截（重摘心），可促生中短枝和形成花芽。
五忌放任环剥避免不分品种、枝势、水肥等条件而任意环剥。环剥宽度一般为所剥枝干直径的1/10，并要采用包扎等方法保护伤口，保证环剥口25～30天愈合。
六忌放松防治切不可认为套袋后就万事大吉，应选择无公害低残留的农药做好早期落叶病和金纹细蛾及螨类等病虫害的防治工作。并在用药间隔期，轮换用药。
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