企业亏损可以由以后年度的所得弥补，弥补对象仅适用于查账征收的纳税人。在核定期间，由于企业对收入、成本费用核算不准确，不能正确计算企业所得税的税基，企业的盈亏不能真实地反映，因而核定期间的亏损或盈利都得不到税务机关的认可。
因此，核定期间的经营亏损在查账征收期间不能弥补；查账征收期间的亏损也不得在核定征收期间弥补；但是，先查账，后核定，再查账的，原查账征收期间产生的亏损虽然不能在核定期间弥补，但是可以在后查账期间内弥补, 从改为查账征收方式的年度起弥补，但弥补亏损期限以发生亏损年度的下一年开始计算，5年内不论盈亏或者改变征收方式，均连续计算弥补年限。
企业在国债到期兑付或转让国债取得利息收入时，税收上应按持有期间取得的利息收入计入应纳税所得额，但由于在持有期间会计上已经按权责发生制确认了部分利息收入，并按税收规定进行了纳税调减，因此在年度申报时，应先通过《纳税调整项目明细表》第5行“4.未按权责发生制确认的收入”的调增栏，将会计上以前确认的利息收入进行调增，如符合免税条件，再通过附表五第2行“1、国债利息收入”进行调减处理。
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