1.生产体制传统
目前，我国苹果种植生产主要以个人承包经营为主，个体户对于栽培技术的掌握差，灌溉、农药计量等掌握不准确，且不会分辨带病幼苗，导致栽培成活率低。个体户占地面积有限，对于不同种类的幼苗不能做到合理的划分，导致苗木品种混乱，砧木种子来源复杂，苹果共砧现象严重。
2.新兴苗木推广应用率低
当前，嫁接繁育技术深受果农推崇，幼苗普遍以嫁接的方式进行繁殖，然而由于无病毒苗木的推广速度缓慢，导致许多幼苗在嫁接时仍然存在病毒，传染给其他树木。现阶段，我国采用无病毒果苗多为中间砧或部分无毒苗，此种树苗可能为病毒携带者，严格意义上来说并非无病毒苗，因此，对于果树仍然存在安全威胁。
3.栽培技术落后
我国在果木的培育上仍然采用老旧的方法，栽培方式单一，时间分布不均匀，导致果苗营养不良，结出的果实小等。高档苗使用偏少，且果农对于现今创新的科学栽培技术认知甚少，对于不同苗种间的差异、需水量、所需营养成分等印象模糊。这些对于幼苗的生长及成果都是十分不利的。
加强无病毒苗木的栽培
无病毒苗木栽培将成为我国新的发展趋势，由于其自身性质，不仅可以保证树苗的健康，并且为产量提供了保障，可以说是有益无害的。因此，需要加强对于无病毒苗木的推广和宣传，确保其在我国苹果栽培领域的普及。为了从根本上防止苹果病毒，应建立起无病毒的母本园及采穗园，每个园区只负责栽培同一品种树苗，防止因生产初期混乱形成病毒，且采穗园必须保证为未种植过其他果树的土地，经过松土、施肥后进行灌溉，确保幼苗在一个完全安全、干净的环境下成长，定期进行施肥观察，并将确认后的母本木进行编号存档。采穗园要求与母本园基本相同，但要求树木健壮，确保其能够为生产提供接芽等。无病毒苗木的砧木必须采自母本园或采穗园，其选用的嫁接幼苗也必须为无病毒幼苗，具体的繁育模式为一級母本木→二级母本木→育苗专业户→跨牌销售苗木，根据正规的流程进行栽培，能够从根本上确保树木的安全，无论是以后的生长还是收获，都能看到很好的效果。此外，苹果苗木的栽培技术还包括：无病毒乔砧苗繁育技术、无病毒矮化自根砧木繁育技术等等。
修剪
1、幼龄树（苹果苗木）的修剪
按照“以轻剪为主，整形与结果并重，促进早期结果”的原则进行。
（1）小冠疏层形：一层主枝留3~4个，选留后对影响骨干枝生长的密枝进行清理，每年清理1~2个，力争2年清理完。
（2）自由纺锤形：每年选留3~4个小主枝，主枝间距20厘米左右，对过密枝条适当疏除。
2、剪除苹果树病枝、虫枝
对在苹果树上越冬的病虫害，结合冬剪彻底剪除病虫枝集中烧掉或深埋，全园普喷护树将军杀菌、消毒，来年危害可明显减轻。
3、刮除粗老树皮
果树粗老树皮及树干裂缝中，往往潜伏着大量越冬的病菌和害虫。刮除粗老树皮，涂抹护树将军并将刮掉的树皮深埋，对多种病虫害具有良好的防治效果，甚至可以完全消灭某些害虫。
一、苹果在长期的营养繁殖过程中，病毒的侵染逐年积累增多。苹果树一旦被病毒侵染，就终生带毒，持久危害。
二、苹果病毒主要通过嫁接传染，随同接穗（或砧木）、苗木远距离传播。因此，嫁接繁殖的数量越大，病毒的传播速度也越快。
三、病毒病害与真菌或细菌病害不同，难以用化学药剂进行有效的预防或控制，培育和栽培无病毒苗木是防治苹果病毒病的根本途径。
四、果树受病毒侵染后，病毒主要在细胞内寄生和繁殖。因此，全身各部位都带有病毒，破坏、干扰树体正常生理机能，导致长势减退，产量下降，品质变劣，直至全株死亡。苹果病毒按其危害特点，可分为非潜隐病毒和潜隐病毒两大类。苹果非潜隐病毒侵染苹果树后，大部份栽培品种都有明显症状，病树容易识别，无需特殊鉴定，只根据症状特点，即可辨认。
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