蓝藻暴发时，大量藻细胞在日间进行光合作用使水体溶氧过饱和，氧气由水体向空气净扩散；但夜间或光照不强的阴雨天，芽孢杆菌，光合作用停止或明显降低，池塘各种生物的呼吸作用及有机质腐烂分解耗氧依旧维持在高水平，这样常常导致池塘溶氧昼夜急剧波动；而且水华池塘中蓝藻消长、腐烂、分解会大量消耗池塘溶氧，引起大规模“泛塘”现象，地衣芽孢杆菌作用，这会给养殖户造成巨大的损失。同时，枯草芽孢杆菌，蓝藻消长腐烂会进一步使水质变坏，导致水华长时间发生。
芽孢杆菌通过竞争性利用水体营养物质，主要是c、n、p的竞争，降低水体中p含量，抑制藻类生长；同时藻体及其分泌物作为碳源被芽孢杆菌利用，能使芽孢杆菌在竞争中处于优势种群，群体优势的建立进一步抑制藻类生长和生存空间，最终达到控制藻类数量的效果。水体n/p比值的升高，有利于芽孢杆菌的生长；而当氮浓度一定时，c/n比值越高，芽孢杆菌生长越好。而铜绿微囊藻作为一种自养的光合植物，其生长仅与氮磷浓度有关。
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