1、固氮作用
2、养分释放作用 微生物把土壤中一些难于被作物吸收利用的物质分解转化为能被作物吸收利用的有效养分。
3、促生作用 土壤中施入微生物肥料后，不仅增加了土壤中的养分含量，而且促进了各种维生素、酶及其他有利于作物生长物质的合成，刺激作物的生长，协助作物吸收营养。
4、抗bing作用 土壤中接种有些微生物后，在作物根部大量繁殖，在一段时间内成为作物根际的优势菌，抑制或减少了原微生物的繁殖机会，有的微生物还会对bing原微生物产生抵抗作用。
一、供给作物养分和活性物质，提高光合作用强度 有机肥料在土壤中不断矿化的过程中，能持续较长时间供给作物必需的多种营养元素，同时还可供给多种活性物质，如核糖核酸、胡敏酸和各种酶等。尤其在家畜、家禽粪中酶活性特别高，是土壤酶活性的几十倍到几百倍，既能营养植物，又能刺激作物生长，还能增强土壤微生物活动，提高土壤养分的有效性。在有机肥料分解过程中，产生大量co2供作物进行碳的同化，植物的光合作用强度在一定的co2浓度范围内，随co2增加量直线上升。据北京、福建等地的试验证明，增加co2的浓度能使作物增产10%以上。有机肥料中含有丰富的碳源，对促进作物生长、提高产量有重要意义。
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