微生物的氨化、硝化作用，土壤和肥料中的含氮有机物经微生物分解，产生简单的氨基酸或其他含氮化合物，并且进一步脱下氨基释放出氨，称为氨化作用。参加氨化作用的微生物类群很多，其中尤以细菌为主，如枯草杆菌、大芽孢杆菌、腐败梭菌、极毛杆菌和变形杆菌等。由氨化作用产生的氨再经硝化细菌作用可进一步氧化成硝酸，这就是硝化作用。微生物的氨化作用和硝化作用是土壤中氮素养分有效化的重要过程，纯鸡粪的价格，因此，濮阳纯鸡粪，它们作用的强度常可指示土壤的含氮情况和熟化程度。
粪便发酵后的用途：
可以用来养殖鱼虾，不污染水质，既可以作为鱼虾饲料，又可以作肥水产品；2、可以用来养殖黄粉虫、蝇蛆、蚯蚓建立生态养殖模式；3、可以制作种植、花卉等生物有机肥。4、粪便发酵做有机肥料能增强农作物抗病能力。有机物料在肥料发酵剂类产品发酵处理过程中，伴随着微生物的大量快速繁殖和一系列复杂的生化反应过程，微生物在繁殖过程中会产生大量的特1效代谢物质（如酶、激1素、抗1生素，这些物质是生物体本身自然所产生的，纯鸡粪的含氮量，不是外来的化学激1素抗1生素，只有好处而无任何毒副1作用），纯鸡粪适用范围，其中激1素可刺激作物快速生长发育；而抗1生素则能明显抑制土传病菌的传播，提高作物抗病、抗逆性能。而不发酵处理的粗制有机肥不但没有这些优点，反而由于其自身带有致病菌，成为传播作物病害的主要传染源。
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