由于物料种类和状态千差万别，微波真空干燥机的工艺并非固定不变。事实上，在微波真空干燥机的处理过程中，物料内部逐渐形成疏松多孔状，其内部的导热性开始减弱，即物料逐渐变成不良的热导体。随着微波真空干燥过程的进行，内部温度会高于外部，物料体积愈大，其内外温度梯度就愈大，内部的热传导不能平衡微波所产生的温差，使温度梯度达到不能接受的水平。因此，一般应预先把物料处理到较小的粒状或片状以改进干燥的效果。
微波干燥技术是干燥行业的一项新技术新方法，它能克服普通干燥方法中的许多弊端而引起用户的广泛好评。普通干燥方法，如蒸汽干燥，远红外干燥等都是利用热传导的特性把温度传递到物料内部，这样就会形成一个干燥过程，即：物料外层先被干燥，而后干燥层逐渐内移。对一般物料而言，含水量越少其导热性越差，这样，外面的干燥层就形成了阻碍热量向内传递的一道屏障。使干燥时间大大延长。
微波真空干燥设备工作原理：微波真空干燥是将被干燥的物料处于一定的真空条件下，用微波能对物料进行加热干燥、脱水保鲜。设备运行时首先由微波发生器发生微波，经馈能装置输入微波加热器中；物料由传输系统送至加热器中，此时物料中的水分在微波能的作用下升温蒸发，水蒸气通过抽湿系统排除而达到干燥的目的。物料中的细菌则被微波电磁场作用下所产生的生物效应和热效应杀灭。由于微波是直接作用于物料，所以干燥温度低、速度快，药物中的有效成份的损失很小。
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