1、成功注册存在的风险增加
商标组合申请会使商标注册成功的风险增加，将元素进行分开申请的话，就可以有效规避部分风险。因为商标元素组合中，只要某一元素和别人的商标存在相同或近似情况，商标就被会认定为近似而将商标驳回，如果是单个元素的话，就大大增加了商标注册成功的概率。
2、商标注册申请的时间增加
组合申请的商标每个部分的元素都要进行分开审查，这就大大增加了审查的难度，因此审查的速度也会受到相应影响，而单独申请则互不影响，比分开申请的商标审查慢了很多。
3、商标组合申请的费用需考量
商标注册申请都有一个规费，组合申请的商标就会收取一个规费，分开申请的商标由于是多个商标就会收取多个费用，虽然看上去组合申请的费用相对于分开申请的低，但是商标分开申请的成功率增加，产生的效益会远远大于注册所花的费用。
4、商标组合申请的使用不够方便
组合申请的商标是固定不变的、也不能拆开之后重新组合，而分开申请的商标则不同，不但可以单独运用还可以随意更换位置，相对更加灵活。这就是商标组合申请的弊端的另一直观展示。
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