经济性重复征税。新税法延续古典税制模式，没有从根本上减轻或消除经济性重复征税问题。如，对已分配利润存在重复征税。企业利润被征收企业所得税后，税后利润对个人分配需征收个人所得税，税收实际负担率高达40％(1×(1—25％)×(1—20％))。又如，对未分配利润存在的重复征税。
如果企业对税后利润不进行分配，那么将存在着因利润留存而形成的资本利得被再次征收企业(个人)所得税的可能。很显然，经济性重复征税有悖于经济效率原则，无论对征税主体还是纳税主体，其负面影响是显而易见的。
虽然新企业所得税法施行已有6年多了，但仍有相当的纳税人不注意区分不征税收入与免税收入。我们说，不征税收入与免税收入，虽然在取得当年都可以从收入总额中扣除，都不用缴纳企业所得税，但两者间的差别还是非常明显的：不征税收入是指纳税人取得的不属于企业所得税课税范围内的收入项目，而免税收入则是指属于企业所得税课税范围，只是国家给予一定的优惠而暂时不予征税。
在应纳所得税额确定以后，减除当年已预缴的所得税额，余额按剩余月份或季度均分，以此确定以后各月或各季的应纳税额;纳税人年度终了后，申报额超过核定经营额或应纳税额的，按申报额缴纳税款;申报额低于核定经营额或应纳税额的，按核定经营额或应纳税额缴纳税款。
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