从2006年起，葡萄牙开始进入博洛尼亚进程，实现了欧洲高等教育一体化、统一的学分制以及学士、硕士和博士三段式的高等教育体制。
本科阶段一般为3年，完成3年的本科学习后继续学习2年可获得硕士学位，完成硕士学位后继续再学习3年可获得博士学位，即3+2+3的模式。法律专业的本科学制为4年。工程类、医学类专业不设学士学位，分别是5年制和6年制的硕士学位。
葡萄牙的高等教育体系为二元系统，即大学教育和理工教育，每个系统都有具体的学科理念以及不同的办学目的。大学教育可颁发学士、硕士、博士学位，理工教育只颁发学士和硕士学位。
世界大学排名报告显示，在世界最好的874大学中，葡萄牙占据六所。其中波尔图大学和科英布拉大学在众多上榜大学中位置靠前。
根据该份这份2012-2013年度大学排行榜报告，科英布拉大学是葡萄牙最好的大学之一，位列全球第385位。值得一提的是，这所大学的工程和法律专业在全球200所最好的大学中亦名列前茅。此外，波尔图大学排名第404位，这所大学在农业，自然和海洋资源，土木工程，法律和制药学等专业名列前茅。
和去年排名相比，新里斯本大学今年下降17位。目前排名第432位。即使如此，在全球最好的200所大学中，该所大学的化学，历史学和考古学专业依旧是名列前茅。
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