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羊肚菌的菌种性能与其它食用菌不同，菌种分离方法和育种手段及栽培管理技术与其它食用菌也有很大差异。最'大的缺点就是容易退化、变异、生霉。这对栽培羊肚菌带来很大困难。对此，首先要控制菌种传代，无论母种、原种、栽培种，若违反技术要求，多传—代就会出现上述不良反应或不长子实体。母种只能经过原种栽培种，到栽培中的—次流程和3次破菌愈合才能保住质量；若超过3次菌丝断裂而重新萌发的新菌丝，会失去或降低酶的分解作用，以致抗并力差，易生杂菌，不出菇。
母种的制作
1、培养基配方
①、黄豆芽500克（煮汁），白糖20克，琼脂20克，羊肚菌基脚～50克，水1升。
②、黄豆芽500克（煮汁），白糖20克，琼脂20克，水1升。
③、栎木屑500克（煮汁），白糖20克，琼脂20克，水1升。
④、马铃薯200克（煮汁），白糖20克，琼脂20克，蛋白胨0.5克，牛肉膏0.5克，水1升。
⑤、蛋白胨1克，葡萄糖20克，琼脂20克，酵母膏1克，鳞酸二轻钾1克，流酸镁1克，维生素b1，1克，水1升。ph值自然。
上述配方任选—组。将木屑或豆芽加水1升煮30分钟，过滤取汁，并将余下的水补足1升，加入其它原料，煮至溶化后，按母种制作常规方法，分装于18毫米×180毫米或20毫米×200毫米试管的1/5，塞上棉塞，使用高压灭菌锅彻底灭菌；在0.68千克压力下维持60分钟，自然冷却至指针回到原位才可打开，放成斜面备用。
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