微波对的热效应是使蛋白质变化，使细菌失去营养，繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，微波能使细菌正常生长和稳定遗传是由若干松弛，断裂和重组，从而诱发突变，或染色体畸变甚至断裂。低温杀菌保持营养成份和传统风味，同时微波能穿透物料内部，频率为2450mhz，以每秒24亿5千万次振荡，通过特殊的热和非热效应杀死细菌，达到杀菌效果。实践证明速度快，时间短，保留食品中的营养成份、传统风味，延长保质期，对提高产品质量有显着的效果常规热力杀菌是通过热传导方式将热量从食品表面传至内部，往往需较长时间，内部才能达到杀菌温度。微波则利用其透射作用，以热效应和非热效应的共同作用，是物品内外均匀的，迅速升温杀灭细菌。处理时间大大缩短，在强功率密度强度下，甚至只要几秒~数十秒达到满意效果。
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