中国农业科学院柑桔研究所成立于1960年,占地面积1947亩。作为唯一的国家级柑桔专业科研机构，现有在职职工265人，科技人员109人，其中高级技术职务30人，博士10名，中国农业科学院二级学科和三级学科杰出人才各4人。设柑桔品种资源、栽培技术、植物保护、贮藏加工、南方果树信息等5个研究室，另外，“国家果树种质重庆柑桔圃”、“农业部柑桔及苗木质量监督检验测试中心”、“国家柑桔苗木脱毒中心”、“国家柑桔品种改良中心”、“重庆市植物病害生物学重点实验室”和“重庆市柑桔无病毒一级采穗圃”设在该所。主持完成科研成果138项（国家级奖励8项，省部级奖励42项）。培养博士生9名，硕士生32名。编著和参加编著科技著作80余部，发表论文1200余篇。编辑出版、公开发行《中国南方果树》和《中国果业信息》两个专业刊物。

　　
2001年9月，中国农业科学院与西南农业大学共建该所，在保留中国农业科学院柑桔研究所名称同时，成立西南农业大学研究院。2005年7月中国农业科学院与西南大学（由原西南师范大学与西南农业大学合并组建）共建该所，保留中国农业科学院柑桔研究所名称。