重庆市中药研究院系中药专业研究机构。主要承担国家、部及市级中药科研的重点和攻关项目，进行中药的研究与开发，开展中药学的基础理论研究、交流与合作，培养中药学科人才，推进中药技术进步。
经过78年的积累、奋斗和近年的体制改革，我院在国内同行业中创造了五个之最：历史最悠久；占地面积最广；学科配套最齐全；仪器设备最先进；中药标本收藏量最大。
近30年来，重庆市中药研究院承担各类课题千余项，直辖以来，就达300多项。据统计，我院已取得各级各类科研成果200多项，如“冬虫夏草人工培殖研究”、“火把花根片治疗肾炎研究”、“人参茎叶皂甙提取新工艺研究”、“复脉定冲剂治疗心律失常研究”等等。研究申报并获国家正式批准生产的新中成药达40余个。研发了“肝康灵”、“火把花根片”及“白血宁”等产品。与企业联合开发了“虫草超微宝胶囊”、“天府可乐”及“亚洲威士忌”等四十多项受市场欢迎的产品，取得了良好的社会效益和经济效益。在四川省甘孜州康定县、石渠县建成“冬虫夏草人工培殖产业化”示范基地22000多亩，为冬虫夏草高技术产业化奠定了基础。在道地药材种植等方面获专利2项。
近三年来，在产品开发方面，我院已有4个四类新药正式申报生产；1个四类新药完成了Ⅱ期临床研究；1个三类新药通过了临床申报评审；正在研究的产品开发项目达10余项。
遵循“培养本土化人才队伍为本，引进外来人才为用，智力引进为核心，项目引进为载体”的思路，充分发挥西部地区中药资源丰富和科研综合成本相对较低的优势，利用政府鼓励“柔性”引进人才的政策，我院提议（设立于院内）的“西部中药研究开放实验室”科研平台建设项目已经全面启动,并获得重庆市政府及其相关部门的政策和经费支持。