学校校本部设有基础医学院、公共卫生与家庭医学学院、化学生物学与药学院、生物医学工程学院、中医药学院、卫生管理与教育学院、护理学院、燕京医学院、继续教育学院及国际学院；学校拥有14所临床医学院（其中13所临床医学院是附属医院），包括宣武医院（第一临床医学院）、附属北京友谊医院(第二临床医学院)、附属北京朝阳医院(第三临床医学院)、附属北京同仁医院(第四临床医学院)、附属北京天坛医院(第五临床医学院)、附属北京安贞医院(第六临床医学院)、附属复兴医院(第八临床医学院)、附属北京佑安医院（第九临床医学院）、附属北京儿童医院(儿科医学院)、附属北京口腔医院(口腔医学院)、附属北京安定医院(精神卫生学院)、附属北京妇产医院(妇产医学院)、附属北京中医医院(中医药临床医学院)和康复医学院（中国康复研究中心），以及预防医学教学基地（北京市疾病预防控制中心）。学校还设有首都医科大学北京神经外科学院、首都医科大学北京眼科学院、首都医科大学北京耳鼻咽喉科学院3个专科学院以及22个专科学系。