又名北京麋鹿生态实验中心、北京生物多样性保护研究中心。位于大兴区南海子麋鹿苑。建于1985年。1994年对外开放。曾为元、明、清三代皇家苑囿南海子的一部分。明清时，此地散养有大量黄羊、獐、狐、老虎和麋鹿等野生动物，供皇家狩猎。八国联军入侵北京，南海子麋鹿遭到劫掠和屠杀，自此在中国绝迹。1985年英国塔维斯托克侯爵将38头麋鹿赠还中国。1993年麋鹿苑的麋鹿已达200余头， 1997年苑内建成野生动物散养区、展示区、野餐区、野营区。2000年馆内有麋鹿130余头。苑内还有白唇鹿、马鹿、梅花鹿、狍子等其他鹿科动物和普氏野马等，另有灰椋鸟、大斑啄木鸟等鸟类。博物馆占地面积64万平方米。其中沼泽300亩，天然草场320亩，池塘60亩，科研、生活管理区60余亩。2001年固定展览“麋鹿沧桑”在科普楼展出。博物馆主要展示内容有“麋鹿沧桑”展览（包括麋鹿与自然、鹿与文化、麋鹿苑）、世界灭绝动物墓区、东方护生壁画等内容。
从事濒危动物麋鹿研究、环境教育、生态旅游、生态展示。