协和医学院儿童药物研究所学科齐全，设药物化学、天然产物化学、药理学、药物安全评价、药物分析、天然产物生物合成、药剂学等研究科室，协和医学院儿童药物研究所具有很强的新药研究和开发能力。协和医学院儿童药物研究所特别是在天然产物研究、计算机辅助药物分子设计、组合化学、分子药理学、高通量筛选等领域有明显特色。此外，协和医学院儿童药物研究所还建有国家药物及代谢产物分析研究中心、国家新药开发工程技术研究中心、国家新药筛选中心、科技部药效学平台、医科院协和医科大学新药安全评价中心、卫生部天然药物生物合成重点实验室、教育部中草药物质基础与资源利用重点实验室。