高能所多学科研究中心成立于2006年，由原来的同步辐射室、核分析室、自由电子激光室合并组成。它拥有的对社会开放的大型科学研究平台包括依托北京正负电子对撞机的北京同步辐射装置（BSRF）、强流慢正电子源装置、北京自由电子激光装置（BFEL）等。多学科研究中心负责这些装置的运行、维护、改进和对外开放，同时积极开展依托这些大科学研究平台和核技术为特色的多学科交叉前沿领域的研究和应用。

高能所的发展目标是建成具有世界先进水平的、多学科、对国内外开放的、大型综合性研究基地。成立多学科研究中心的目的就是利用高能所先进的加速器技术及核分析技术，建立对国内外开放的多学科研究平台，开展凝聚态物理、化学、生物、材料、环境等方面的研究。