安徽省农业科学院水产研究所以应用研究和开发研究为主，兼顾基础理论研究。以“面向市场，服务生产”为理念，开展鱼类优良品种的繁育与推广，提供鱼类养殖技术指导与咨询服务。研究所下属的安徽益水渔业科技有限公司，主要从事名优鱼类苗种的生产与开发、鱼药的生产与开发、养殖技术咨询与指导。

现经营的产品有：黄鳝苗、龙虾苗、甲鱼苗、鳜鱼苗、鮰鱼苗等名优苗种；鱼药；生物制剂。